Les microbes qui vivent en nous et sur nous sont plus nombreux que nos propres cellules. Le microbiote dans l'intestin humain est l'un des écosystèmes bactériens les plus densément peuplés connus dans la nature. Il régule la fonction métabolique et les réponses immunitaires et contribue à l'humeur et au comportement. Les déséquilibres ont été liés à différentes maladies, y compris les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI) et les troubles métaboliques.
D'autre part, un microbiome sain peut avoir une fonction protectrice, comme cela a été démontré dans le cas de Helicobacter pylori, qui n'était auparavant connu que pour ses effets néfastes.
Les scientifiques reconnaissent maintenant que H.pylori - qui d'ailleurs, a également été trouvé dans l'estomac de Iceman Oetzi 5300 ans - pourrait protéger contre le reflux acide et l'asthme.
Microbiome ou microbiote?
Le microbiome et le microbiote ont reçu beaucoup de presse ces derniers temps en raison des progrès scientifiques liés au traitement des maladies gastro-intestinales et immunitaires qui impliquent des communautés microbiennes. Il y a eu une certaine ambiguïté dans la façon dont les deux termes sont utilisés. Dr Jonathan Eisen de l'Université de Californie, Davis a noté que le microbiome est maintenant couramment utilisé pour désigner la collection de micro-organismes qui occupent un certain habitat dans le corps, par exemple, l'intestin humain. Le terme a été utilisé pour la première fois dans les années 1800 et apparaît dans un vieux livre italien sur l'obstétrique et la gynécologie.
D'autres sources fiables, telles que la revue scientifique Nature , définissent également le microbiome comme le matériel génétique dans un microbiote. Selon eux, le microbiote se réfère à l'ensemble des organismes.
Bien qu'il semble y avoir une certaine incohérence dans l'utilisation de la terminologie, la communauté scientifique reconnaît de façon univoque que la contribution des microbes à la santé humaine est importante.
Néanmoins, il peut parfois être difficile d'étudier leur influence directe et leur relation causale avec différentes maladies.
Transférer le microbiome entre les gens
En 2016, une étude a été publiée dans Nature Medicine qui décrit le processus de transfert du microbiome de la mère à son nouveau-né.
Il a déjà été établi que les bébés nés par césarienne sont plus susceptibles de développer des maladies auto-immunes. Comme leur mode d'accouchement ne les expose pas au microbiome vaginal, juste après la naissance, leur microbiome intestinal ressemble à celui de la peau de leur mère. En revanche, les bébés nés par voie vaginale ont un microbiome intestinal qui ressemble au microbiome vaginal de leur mère, ce qui semble les protéger contre certaines conditions néfastes. Une expérience conçue par la professeure associée Maria Dominguez-Bello de l'Université de New York s'est penchée sur le transfert du microbiome vaginal de la mère à des bébés nés par césarienne. Les mères ont été frottis et les bébés ont été colonisés immédiatement après la naissance. Lorsqu'ils ont été testés après un mois, les nouveau-nés inoculés avec le microbiome vaginal avaient encore un microbiome qui ressemblait beaucoup au vagin de leur mère. Ces transferts de flore vaginale à la suite d'une césarienne, également appelés «ensemencement vaginal», pourraient devenir une intervention importante dans le futur et pourraient aider à prévenir certaines maladies auto-immunes.
Cependant, certains experts avertissent que même si la pratique est de plus en plus populaire, ses avantages n'ont pas encore été prouvés. Le Dr Aubrey Cunnington, de l'Imperial College de Londres, soutient que le liquide vaginal peut aussi transporter des bactéries et des virus qui pourraient être nocifs pour un bébé. Pour l'instant, les professionnels de la santé ont généralement été avisés de ne pas pratiquer d'ensemencement vaginal.
La transplantation de microbiote fécale (FMT) ou la bactériothérapie a également été explorée. Il a, par exemple, été appliqué à des patients présentant un déséquilibre bactérien dans l'intestin à la suite d'un traitement antibiotique antérieur qui a détruit des bactéries utiles.
Les personnes chez qui on a diagnostiqué une colite récidivante à Clostridium difficile (qui peut survenir chez des personnes qui prennent des antibiotiques) peuvent maintenant recevoir un transfert de selles d'un donneur sain . Les infections à C. difficile sont considérées comme les infections nosocomiales les plus courantes. L'infection entraîne souvent une diarrhée récurrente. Deux docteurs danois, le Dr Michael Tvede et le Dr Christian Rask-Madsen, ont mis au point un type spécifique de bactériothérapie qui montre beaucoup de potentiel dans le traitement de la diarrhée associée à la bactérie C.difficile . Comme la FMT, leur méthode, appelée la bactériothérapie rectale (RBT), vise à réintroduire la microflore intestinale normale. Une étude portant sur 55 patients ayant reçu une RBT a montré que le traitement était efficace chez jusqu'à 80% de leurs patients (avec de meilleurs résultats chez les patients sans maladie gastro-intestinale). Tvede et Rask-Madsen reconnaissent qu'il y a toujours des risques quand on inocule un patient avec des bactéries vivantes, par exemple, une infection sanguine peut se développer. Dix jours après l'arrêt du traitement, un de leurs patients a été admis à l'hôpital avec une affection aiguë, possiblement liée à un RBT.
La technologie Human-Gut-on-a-Chip
Une équipe de l'Université de Harvard a fait des progrès significatifs dans l'étude des bactéries intestinales et de l'inflammation en utilisant la technologie de l'intestin humain pour micro-concevoir un modèle contrôlé d'intestins humains. Ce modèle - la taille d'un bâton de mémoire d'ordinateur - imite les conditions naturelles dans les intestins humains, ce qui permet aux chercheurs d'étudier la prolifération bactérienne et l'inflammation de l'intestin. Pour la première fois, les scientifiques sont en mesure d'analyser différentes réponses physiopathologiques et la contribution de pathogènes individuels et de cellules in vitro.
Des services comme uBiome émergent également, transformant les tests de bactéries humaines en science citoyenne. Cependant, ces institutions populaires peuvent avoir beaucoup de limites. La science en est encore à ses balbutiements, et le seul fait de regarder les bactéries dans notre intestin ne nous donne pas nécessairement une image complète de l'environnement intestinal et de la santé intestinale globale.
> Sources:
> Blaser M, Chen Y, Reibman J. Est-ce que Helicobacter Pylori se protège contre l'asthme et l'allergie? BMJ Gut . 2008; (5): 561-567
> Cunnington A, Sim K, Deierl A, Kroll J, Brannigan E, Darby J. «Ensemencement vaginal» de nourrissons nés par césarienne. BMJ .2016; 352: 1-2.
> Dominguez-Bello M, De Jésus-Laboy K, Clemente J, et al. Restauration partielle du microbiote d'enfants nés par césarienne par transfert microbien vaginal. Médecine de la nature . 2016; (3): 250-254
> Kim H, Li H, Collins J, Ingber D. Apports du microbiome et de la déformation mécanique à la prolifération bactérienne intestinale et à l'inflammation dans un tube digestif humain. Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique . 2016; 113 (1): E7-E15
> F Maixner, Krause-Kyora B, Zink A, et al. Le génome Helicobacter Pylori de 5300 ans du Iceman. Science. 2016; 351 (6269): 162-165
> Tvede M, M Tinggaard, Helms M. Article original: Bactériothérapie rectale pour la diarrhée récurrente associée Clostridium Difficile: Résultats d'une série de cas de 55 patients au Danemark 2000-2012. Microbiologie clinique et infection . 2015; 21: 48-53